PCR實驗室布局原則上設計為試劑準備區、樣品制備區、擴增區和擴增產物分析區四個單獨的工作區域并設有專用走廊，各工作區域應設緩沖間，工作區與緩沖間宜安裝連鎖裝置。不同功能的工作區應是分隔獨立的，各工作區有明顯的標志，不能直通，如果緊密相連，需安裝物品傳遞窗。

　　前兩區為擴增前區，后兩區為擴增后區，擴增前區與擴增后區應嚴格分開。物品只能從擴增前區流向擴增后區，即從試劑準備區、樣品制備區到擴增區和擴增產物分析區，不得逆向流動。實驗室的氣流也應從擴增前區流向擴增后區，不得逆向流動。

　　四大區域應形成單向流線、宜采用全送全排。

　　各區域之間設計應具備單向的實驗工藝流、物流、人流與氣流，形成單向流程的保護屏障，避免實驗之間的相互干擾，防止氣溶膠擴散對實驗過程造成污染。

　　PCR實驗室并沒有嚴格的凈化要求，但是為避免各個實驗區域交叉污染的可能性，宜采用全送全排的氣流組織形式，嚴格控制送、排風的比例以保證各實驗區壓力要求。

　　另外，PCR實驗室內通常有生物安全柜、通風柜等生產設備，這類設備排風量大且使用時間有間隔性，并不與空調系統運行時間一致，這就導致有這些設備的房間在設備啟停的時候很容易失壓，原本正常的壓力梯度瞬間就破壞了。這正是PCR實驗室空調系統設計的難點所在。